По-доброто генетично наблюдение на COVID-19 ще ни помогне да контролираме пандемията, казва СЗО

(vchal/iStock/Getty Images)

За да наблюдавате промените в коронавирус което може да претовари пандемия или да направят ваксините по-малко ефективни, учените трябва да секвенират неговия генетичен код, за да каталогизират потенциално опасни мутации, когато се появят.

Но толкова малко държави провеждат и споделят наблюдение, че експертите са толкова притеснени за мутациите, които не могат да видят, колкото и тези, които могат.

Публикуване на първата геномна последователност на SARS-CoV-2 през януари миналата година, в самото начало на пандемията, позволи на учените да го идентифицират като нов коронавирус и да започнат да разработват диагностични тестове и ваксини.

Оттогава десетки хиляди последователности са качени в обществени бази данни, което позволява мутациите да бъдат проследявани със степен на детайлност и скорост, непостигана досега.

Но лъвският дял от тази информация идва само от една страна: Великобритания.

От средата на януари г. GISAID – основна платформа за споделяне на данни, първоначално създадена за наблюдение на грипа – е получила 379 000 последователности.

От тях 166 000 са от Великобритания COVID-19 Genomics UK (COG-UK), партньорство между здравните власти и академичните институции.

„Това е първият път, когато виждаме как един патоген се развива в такъв мащаб“, каза Юън Харисън, директор по стратегия и трансформация в COG-UK и сътрудник в Wellcome Sanger Institute, където се извършва голяма част от секвенирането.

„Научаваме, че тези мутации се натрупват много по-бързо, отколкото си мислехме.“

Понастоящем програмата секвенира 10 000 генома на седмица – приблизително 6 процента от известните случаи във Великобритания, въпреки че това варира – и планът е това да се удвои.

„Обединеното кралство издухва всички останали от водата“, каза Ема Ходкрофт, епидемиолог в университета в Берн и съразработчик на Проект за проследяване на вируси Nextstrain .

„За мен това беше лунната снимка на пандемията, заедно с ваксините.“

Дания, отбеляза тя, също рутинно подрежда и споделя данни, но информацията, идваща от повечето други страни, е в най-добрия случай спорадична.

Секвенирането идентифицира различни варианти – щамове, които са придобили клъстери от нови мутации – във Великобритания, Южна Африка и Бразилия през последните седмици.

Новият, бързо разпространяващ се вариант в Обединеното кралство е „като минипандемия в рамките на пандемията“, каза Харисън.

Но без систематичен мониторинг, добави той, учените все още може да не са разбрали, че това е „променител на играта“.

Ранното предупреждение не спря разпространението на варианта – той е открит в десетки държави. Но това позволи на други нации да се подготвят.

Без предупреждението на британските учени светът вероятно щеше да лети на сляпо, каза Ходкрофт.

„Ако това се разширяваше в друга държава, ние просто щяхме да погледнем коя страна е и да си кажем: „О, те имат лош ръст на случаите, предполагам, че хората не следват указанията“, каза тя пред АФП .

Други варианти са станали видими само когато са се разпространили в международен план от своята точка на произход.

По-рано този месец, например, нов щам – носещ мутация, известен като E484K, за който изследователите се опасяват, че може да избегне имунитета – е идентифициран в Япония при хора, пристигащи от Бразилия.

'Очи и уши'

The Световна здравна организация каза, че по-добрият капацитет за секвениране е световен приоритет.

Мария Ван Керхов, СЗО COVID-19 технически ръководител, наскоро описа броя на споделените досега последователности като „удивителен“, но каза, че те идват само от няколко страни.

„Подобряването на географското покритие на последователността е от решаващо значение за света, за да има очи и уши за промените в вирус “, каза тя в онлайн форум.

Новите насоки на СЗО казват, че „революция“ в геномното изследване на вируса е помогнала за изграждането на по-добро разбиране на всичко от Ебола към грип.

И сега се казва: „За първи път геномното секвениране може да помогне за насочване на реакцията на общественото здраве към пандемия в почти реално време.“

Когато друг коронавирус, SARS, започна да се разпространява през 2002 г., само три варианта на генома бяха публично споделени през първия месец и 31 през третия месец.

Този път шест генома бяха достъпни за изследователите по целия свят няколко седмици след появата на вируса. В рамките на шест месеца бяха публикувани 60 000 варианта.

Първоначално новият коронавирус не показа голямо генетично разнообразие, каза Ходкрофт, дори когато „избухна в Европа“ главно поради широко разпространеното пътуване.

Но тази липса на мутация сама по себе си беше важна улика.

„Успяхме да видим, че наистина изглежда, че произхожда от Китай, защото всички останали последователности, които бяха открити по света, са вложени в разнообразието от китайски последователности“, каза тя пред AFP.

През лятото на 2020 г. се появиха нови щамове, които изместиха по-ранните въплъщения на вируса.

Възникващи мутации

Трябва да се очакват мутации в еволюцията на вирусаи възникват, когато патогенът зарази някого и започне да се репликира.

Повечето от тези нови щамове не дават предимство на вируса, а някои дори са вредни. Но понякога мутацията увеличава инфекциозността или причинява по-тежко заболяване.

SARS-CoV-2 улавя промените по-бавно от някои други вируси , като ХИВ или грип. Но колкото повече хора заразява вирусът, толкова по-голяма е възможността за мутация.

Това става още по-вероятно при някой с хронично заболяване – продължителното излагане на отслабена имунна система дава на вируса повече време да натрупа множество мутации.

Харисън каза, че това може да е начинът, по който новият вариант се е появил в Обединеното кралство и сега изследователите определят последователността на тестове от имунокомпрометирани пациенти, както и хора, чиято ваксина е неуспешна.

'Нова визия'

Систематичното секвениране в цялата страна даде на изследователите нови прозрения за предаването на вируси.

В един случай това помогна да се идентифицира микробус като виновник за епидемия в болница.

В по-широк мащаб, анализ на десетки хиляди последователности на SARS-CoV-2, публикуван в Наука този месец , установи, че обилните пътувания и внос на вируси в Обединеното кралство в началото на епидемия заложи повече от хиляда предавателни линии.

Следващата стъпка е да се тества как различните мутации влияят на предаването, тежестта на заболяването и ефективността на ваксината и да се предвиди възможно най-бързо как може да се държи нов вариант.

The СЗО каза глобалното секвениране ще помогне за „по-доброто разбиране на света на възникващите патогени и техните взаимодействия с хора и животни в различни климати, екосистеми, култури, начин на живот и биоми“.

„Това знание ще оформи нова визия за света и ще отвори нови парадигми в превенцията и контрола на епидемии и пандемии.“

Но последователността в мащаб е логистично сложна.

„Имаше седмици, когато нещата не работеха правилно, защото изграждате системите от нулата с темпове, в средата на пандемията“, каза Харисън.

Sanger Institute съхранява десетките хиляди проби, които получава всеки ден в огромни фризери за транспортни контейнери и трябваше да изгради роботизирана инфраструктура, за да помогне за сортирането им.

Правни опасения означаваха, че COG-UK реши да сподели минимална информация за последователностите, за да ги направи публични, каза Харисън. Проблемът беше пречка за други страни, особено тези, които разчитат на частните доставчици на здравни услуги, които запазват собствеността върху данните.

Разходите също са предизвикателство в много части на света, но Ходкрофт каза, че по-богатите нации като Съединените щати и тези в Европа нямат извинение.

„Няма причина да нямаме координирани последователни реакции, освен… че не сме решили да го направим“, каза тя.

©Медийна агенция Франция

За Нас

Публикуването На Независими, Доказани Факти От Доклади За Здравето, Пространството, Природата, Технологиите И Околната Среда.