Учен откри изтрити последователности на коронавирус. Ето какво означава това за SARS-CoV-2

Илюстрация на генетичен материал в рамките на коронавирус. (Жоао Пауло Бурини/Момент/Гети изображения)

Намиране на историята на произхода на SARS-CoV-2 , на коронавирус отговорен за близо 3,9 милиона смъртни случая по света, до голяма степен е възпрепятстван от липсата на достъп до информация от Китай, където за първи път са се появили случаи.

Сега изследовател в Сиатъл е изровил изтрити файлове от Google Cloud, които разкриват 13 частични генетични последователности за някои от най-ранните случаи на COVID-19 в Ухан, съобщи Карл Цимер за Ню Йорк Таймс .

Последователностите не накланят везните към или встрани от една от многото теории за възникването на SARS-CoV-2 – те не предполагат вирусът изтече от строго охранявана лаборатория в Ухан, нито предполагат естествено преливащо събитие.

Но те затвърждават идеята, че новият коронавирус е циркулирал по-рано от първото голямо огнище на пазар за морски дарове.

Свързани: 14 коронавирусни мита, разбити от науката

За да се определи точно как и къде вирус произход, учените трябва да намерят така наречения прогениторен вирус, този, от който са произлезли всички останали щамове.

Досега най-ранните последователности са предимно тези, взети от случаи на пазара за морски дарове Huanan в Ухан, където първоначално се смяташе, че новият коронавирус се появи за първи път в края на декември 2019 г.

Случаите от началото на декември и до ноември 2019 г. обаче нямаха връзка с пазара, което показва доста рано в пандемия че вирусът се е появил от друго място.

Имаше един неприятен проблем с тези първи генетични последователности. Тези от случаите, открити на пазара, включват три мутации, които липсват в проби от вируси от случаи, появили се седмици по-късно извън пазара.

The вируси липсват тези три мутации, съвпадащи по-близо с коронавируси открити в подковоносите. Учените са сравнително сигурни, че новият коронавирус по някакъв начин се е появил от прилепи, така че е логично да се предположи, че предшественикът също би липсвал тези мутации.

И сега Джеси Блум от медицинския институт Хауърд Хюз в Сиатъл откри, че изтритите последователности – вероятно някои от най-ранните проби – също са лишени от тези мутации. (Блум е водещият автор на писмо, публикувано през май в списанието Наука настоявайки за безпристрастно разследване на произхода на коронавируса, Live Science съобщи .)

„Те са три стъпки по-сходни с коронавирусите на прилепите, отколкото вирусите от рибния пазар Хуанан“, каза Блум Ню Йорк Таймс . Тези нови данни подсказват, че вирусът е циркулирал в Ухан много преди да се появи на пазара за морски дарове, каза Блум.

„Този ​​факт предполага, че пазарните последователности, които са основният фокус на геномната епидемиология в съвместен доклад на СЗО и Китай … не са представителни за вирусите, които циркулираха в Ухан в края на декември 2019 г. и началото на януари 2020 г.“, пише Блум в своя документ, качен на 22 юни в базата данни за предпечат bioRxiv .

Според Zimmer преди около година 241 генетични последователности от пациенти с коронавирус са изчезнали от онлайн база данни, наречена Sequence Read Archive, която се поддържа от Националния институт по здравеопазване (NIH).

Блум забеляза липсващите последователности, когато попадна на електронна таблица в проучване, публикувано през май 2020 г. в списанието PeerJ в който авторите изброяват 241 генетични последователности на SARS-CoV-2 до края на март 2020 г.; последователностите са част от проект на университета в Ухан, наречен PRJNA612766, и се предполага, че са качени в архива за четене на последователности.

Той потърси в архивната база данни за последователностите и получи съобщението „Няма намерени елементи“, пише Блум в статията bioRxiv, която не е рецензирана от партньори.

Свързани: 11 (понякога) смъртоносни болести, които се разпространяват между видовете

Неговото следене разкри, че изтритите последователности са били събрани от болницата Aisu Fu и Renmin на университета Ухан и препринт на изследването, публикуван от тези последователности (наричани Wang et al. 2020), предполага, че те идват от проби от тампони от носа на амбулаторни пациенти с със съмнение за COVID-19 в началото на епидемия .

Блум не можа да намери никакво обяснение защо последователностите са били изтрити и имейлите му до двамата кореспондиращи автори за запитване не получиха отговор.

„Няма правдоподобна научна причина за изтриването: последователностите са напълно съгласувани с пробите, описани в Wang et al. (2020a,b),' пише Блум в bioRxiv.

„Няма корекции в документа, документът гласи, че е получено одобрение за хора и секвенирането не показва доказателства за плазмид или замърсяване от проба до проба. Следователно изглежда вероятно последователностите да са били изтрити, за да се скрие тяхното съществуване.

Блум отбелязва няколко ограничения на своето изследване, главно че последователностите са само частични и не включват информация, която да дава ясна дата или място на събиране – информация, която е от решаващо значение за проследяване на вируса обратно до неговия произход.

Независимо от това, Блум смята, че по-задълбоченото разглеждане на архивираните данни от NIH и други организации – и събирането на последователностите – може да помогне да се нарисува по-ясна картина както на произхода, така и на ранното разпространение на SARS-CoV-2, и всичко това, без да се налага на- наземни проучвания в Китай.

Прочетете повече за изтритите последователности на Ню Йорк Таймс .

Свързано съдържание

20 от най-лошите епидемии и пандемии в историята

12-те най-смъртоносни вируса на Земята

28 опустошителни инфекциозни болести

Тази статия е публикувана първоначално от Наука на живо . Прочетете оригиналната статия тук .

За Нас

Публикуването На Независими, Доказани Факти От Доклади За Здравето, Пространството, Природата, Технологиите И Околната Среда.